Standart Model'in bazı eksiklikleri şunlardır: 1. Kütleçekimi Açıklaması: Standart Model, kütleçekimini açıklayamaz ve bu kuvvet için Genel Görelilik Teorisi kullanılır. 2. Karanlık Madde ve Karanlık Enerji: Evrenin büyük bir kısmını oluşturan bu iki olgu, Standart Model ile açıklanamaz. 3. Nötrino Kütlesi: Standart Model, nötrinoların kütlesiz olduğunu öne sürer, ancak deneyler nötrinoların küçük de olsa bir kütleye sahip olduğunu göstermektedir. 4. Yeni Parçacıkların Kütlesi: Model, parçacıkların neden belirli bir kütleye sahip olduğunu açıklayamaz. 5. Madde-Antimadde Asimetrisi: Standart Model, madde ve antimaddenin neden eşit miktarlarda olmadığını açıklayamaz.