Kimyasal ve elektriksel sinapsların farkları şunlardır: 1. İletim Yönü: Kimyasal sinapslarda sinyallerin iletimi tek yönlüdür. 2. Sinaptik Yarığın Boyutu: Kimyasal sinapsların sinaptik yarığı büyük (10-20 nm), elektriksel sinapsların ise küçüktür (0,2 nm). 3. Sinaptik Veziküller ve Mitokondri: Kimyasal sinapslarda sinaptik topuzlar sinaptik veziküller ve çok sayıda mitokondri içerirken, elektriksel sinapslarda sinaptik veziküller bulunmaz ve mitokondri sayısı azdır. 4. Kemoreseptörler: Kimyasal sinapslarda post-sinaptik zar üzerinde kemoreptörler bulunurken, elektriksel sinapslarda bu yapılar yoktur. 5. Sinyallerin İletim Hızı: Kimyasal sinapslardaki bilgilerin iletimi yavaştır, elektriksel sinapslardaki ise yüksek hızda gerçekleşir.