Anaerobik ve aerobik solunum arasındaki temel farklar şunlardır: Oksijen kullanımı: Aerobik solunumda oksijen kullanılırken, anaerobik solunumda oksijen kullanılmaz. Enerji üretimi: Aerobik solunum, anaerobik solunuma göre daha fazla enerji üretir. Atık maddeler: Aerobik solunumun atık maddeleri karbondioksit ve su iken, anaerobik solunumun atık maddesi laktik asittir. Kullanım alanı: Aerobik solunum, genellikle düşük ila orta yoğunluktaki egzersizlerde aktif olarak çalışırken, anaerobik solunum daha yüksek yoğunluklu egzersizlerde devreye girer. Verimlilik: Anaerobik metabolizma, aerobik metabolizma kadar verimli değildir. Ayrıca, anaerobik solunum fermantasyon ile karıştırılmamalıdır.