Prokaryotlar, çekirdek ve zarlı organel bulundurmadıkları için ökaryot olamazlar. Ökaryot hücrelerde bulunan çekirdek, kalıtım materyali DNA'yı içinde barındırır ve çevresinde çift katmanlı çekirdek zarı bulunur. Ayrıca, prokaryotlar mitokondri, sentriyol, golgi cisimciği, lizozom, endoplazmik retikulum, koful ve kloroplast gibi zarlı organellere sahip değildir.