Prokaryot ve ökaryot DNA replikasyonu arasındaki bazı farklar şunlardır: DNA yapısı: Prokaryotlar halkasal DNA'ya sahipken, ökaryotlar doğrusal DNA moleküllerine sahiptir. Replikasyon orijini: Prokaryotlarda tek bir başlangıç noktası (replikasyon orijini) bulunurken, ökaryotlarda DNA üzerinde çok sayıda başlangıç noktası vardır. Replikasyon hızı: Ökaryotlardaki DNA polimerazın nükleotit ekleme hızı, prokaryotlara göre daha yavaştır. Enzimler: Ökaryotlarda DNA polimeraz α, β, γ, δ ve ε gibi farklı tipler bulunurken, prokaryotlarda pol I, II ve III olarak adlandırılan üç ana DNA polimeraz türü vardır. Kromozom uçları: Ökaryotlarda kromozomların uçları telomer olarak adlandırılan yapılarla sonlanır ve her replikasyonda kısalır. Bu kısalma, telomeraz enzimi tarafından önlenir. Sentez yönü: Ökaryotlarda DNA'nın bir zinciri kesintisiz (leading), diğeri ise kesiklidir (lagging).