Prokaryot ve ökaryot hücrelerde sitoplazmanın farkı şu şekilde özetlenebilir: Ökaryot hücrelerde sitoplazma, hücre zarı ile çekirdek zarı arasında kalan her şeyi kapsar. Prokaryot hücrelerde ise sitoplazma, hücre zarının iç kısmında bulunan her şeyi kapsar. Ayrıca, ökaryot hücrelerde sitoplazma, zara bağlı organeller ve hücre iskeleti gibi yapıları içerirken, prokaryot hücrelerde bu organeller bulunmaz.