Peptit bağının özellikleri şunlardır: 1. Kısmi Çift Bağ Karakteri: Peptit bağı, rezonans etkisinden dolayı kısmen (%40 civarında) çift bağ karakteri gösterir. 2. Düzlemsel Yapı: Peptit bağı ve bunlara bağlı olan atomlar, amit düzlemi adı verilen bir düzlem üzerinde bulunur. 3. Kısıtlı Dönme: N atomuna bağlı hidrojen atomu iyonlaşamaz veya başka bir proton bağlanamaz, bu nedenle peptit bağı etrafındaki dönüşler kısıtlanır. 4. Hidrojen Bağları: Peptit bağında bulunan karbonil oksijeni ve peptit azotuna bağlı hidrojen atomu arasında hidrojen bağları oluşur. 5. Kararlılık: Peptit bağları, fizyolojik pH'da polar fakat yüksüzdür ve oldukça kararlıdır, yarı ömürleri yaklaşık yedi yıldır.