Mikrobiyolojinin alt dalları şunlardır: 1. Bakteriyoloji: Bakterilerin yapısı, fizyolojisi, patojenitesi ve tanı yöntemleri üzerine odaklanır. 2. Viroloji: Virüslerin yapıları, enfeksiyon mekanizmaları ve çoğalma stratejilerini inceler. 3. Mikoloji: Mantarların yapıları, çoğalma mekanizmaları ve neden oldukları enfeksiyonlar üzerine çalışır. 4. Protozooloji: Protozoaların yapıları ve insan sağlığı üzerindeki etkilerini inceler. 5. Parazitoloji: Parazitlerin insan ve diğer canlılar üzerindeki etkileri, yaşam döngüleri ve bulaşma yollarını araştırır. 6. Immunoloji: Bağışıklık sisteminin işleyişi, antikor üretimi ve bağışıklık tepkileri üzerine çalışır. 7. Gıda Mikrobiyolojisi: Yiyeceklerdeki mikroorganizmaların yapısını ve gıda hijyenini inceler. 8. Çevre Mikrobiyolojisi: Doğal çevredeki mikroorganizmaların ekosisteme katkılarını araştırır. 9. Endüstriyel Mikrobiyoloji: Mikroorganizmaların endüstriyel süreçlerde kullanılması, fermantasyon ve biyoteknoloji konularını inceler.