Otonom ve somatik sinir sistemi arasındaki temel farklar şunlardır: Kontrol: Somatik sinir sistemi, istemli faaliyetleri yönetir ve bilinçli bir şekilde yapılan hareketlerde görev alır. Otonom sinir sistemi, istem dışı süreçleri kontrol eder; nefes alma, sindirim gibi yaşamsal faaliyetler bu sistem tarafından yönetilir. Organlar: Somatik sinir sistemi, deri ve kaslarla ilişkilidir. Otonom sinir sistemi, iç organları, düz kasları ve bezleri kontrol eder. Nöronlar: Somatik sinir sisteminde, motor nöronlar doğrudan kaslara gider, gangliyona uğramaz. Otonom sinir sisteminde, aksonlar bir gangliyona uğrar; pregangliyonik nöronlar miyelinli, postgangliyonik nöronlar ise miyelinsizdir. Fonksiyonel Farklılıklar: Somatik sinir sistemi yaralanırsa, ilgili kaslar işlevini kaybeder. Otonom sinir sistemi yaralanırsa, organın işlevi tamamen durmaz, ancak düzenleme bozulur.