Arkeleri ökaryotlardan ayıran bazı temel özellikler şunlardır: 1. Hücre Zarı ve Duvarı: Arkelerin hücre zarları, eter bağlarıyla gliserole bağlı izoprenoid lipitlerden oluşurken, ökaryotik zarlar ester bağlarıyla gliserole bağlı yağ asitlerine sahiptir. 2. Genetik Materyal: Arkeler, zarla çevrili bir çekirdekten yoksundur ve DNA'ları sitoplazmada nükleoid adı verilen bir bölgede yoğunlaşmıştır. 3. Ribozomlar: Arkelerin ribozomları, ökaryotik ribozomlardan daha küçüktür ve farklı protein ve RNA molekülleri içerir. 4. Organeller: Ökaryotik hücreler, mitokondri, kloroplast ve Golgi aygıtı gibi zara bağlı organellere sahipken, arkeler genellikle bu organellerden yoksundur. 5. Hücre İskeleti: Ökaryotik hücreler, hücre şeklini ve hareketini koruyan karmaşık bir hücre iskeletine sahipken, arkeler geleneksel bir hücre iskeletine sahip değildir.