Nitrifikasyon, ortamda bulunan aerobik bakterilerin çeşitli formlarının azot, amonyum ve nitriti kullanarak kademe kademe nitrata dönüştürmesi sürecidir. Bu süreç, ölen canlıların proteinlerinin oksijenli ortamda mantar ve bakteri faaliyetleri ile amonyum iyonu, su ve karbondioksite kadar giden bir dizi ara basamakla yıkılması olarak da tanımlanabilir. Doğada bu işi Nitromonas ve Nitrobacter bakterileri yapar.