Morfoloji ve embriyoloji arasındaki ilişki, her iki bilim dalının da organizmaların gelişimiyle ilgili olmasından kaynaklanır. Morfoloji, organizmaların yapısını inceler ve bu kapsamda anatomiyi (yalın gözle görülen yapılar) ve histolojiyi (dokular) içerir. Embriyoloji, döllenmiş bir yumurtanın yavru haline gelene kadar geçirdiği safhaları ve bu safhalardaki gelişimi inceler. Bu iki bilim dalı, özellikle homolog yapılar ve evrimsel ilişkiler konusunda birbirini tamamlar. Embriyoloji, türler arasındaki anatomik farklılıkları ve evrimsel değişiklikleri açıklamaya yardımcı olur.