Gen ifadesinin düzenlenmesinde rol oynayan bazı mekanizmalar: DNA ve kromatin modifikasyonları: DNA metilasyonu: DNA'nın belirli bölgelerine metil gruplarının bağlanması, genellikle gen susturmasına yol açar. Histon modifikasyonları: Histon proteinlerinde gerçekleşen asetilasyon veya metilasyon gibi değişiklikler, DNA'nın histonlara ne kadar sıkı bağlandığını etkiler. Transkripsiyonel düzenleme: Spesifite faktörleri: RNA polimerazın promotora bağlanma affinitesini değiştirir. Baskılayıcılar: RNA polimerazın promotor bölgeye ulaşmasını engeller. Aktivatörler: RNA polimeraz ve promotor arasındaki etkileşimi artırır. RNA tabanlı düzenleme: MikroRNA'lar (miRNA): mRNA'nın kararlılığını veya protein yapımını etkileyerek gen ürünlerinin seviyesini kontrol eder. Epigenetik düzenleme: Barr cisimciği: X kromozomunun inaktivasyonu ile transkripsiyonun engellenmesini sağlar. Alternatif RNA uç birleştirme: Bir genden farklı protein ürünlerinin üretilmesine olanak tanır. Gen ifadesi, DNA'dan RNA'nın transkripsiyonundan proteinin translasyon sonrası değişimlerine kadar olan herhangi bir aşamada düzenlenebilir.