Gen ifadesinin düzenlenmesinde çeşitli mekanizmalar bulunmaktadır: 1. Kromatin Yapısı: DNA'nın histon proteinleri ile paketlenmesi, kromatin yapısını değiştirerek genlerin erişilebilirliğini ve transkripsiyonunu etkiler. 2. DNA Metilasyonu: DNA'daki sitozin nükleotidlerine metil gruplarının eklenmesi, genlerin susturulmasına yol açar. 3. Transkripsiyon Faktörleri: DNA'ya bağlanarak RNA polimerazın promotor bölgeye yerleşmesini düzenleyen proteinlerdir. 4. Alternatif Ekleme: mRNA'nın işlenmesi sırasında intronların çıkarılması ve ekzonların birleştirilmesi, aynı genden farklı proteinlerin üretilmesini sağlar. 5. MikroRNA'lar (miRNA'lar): mRNA'ya bağlanarak translasyonu inhibe eder veya mRNA'yı bozunmaya uğratır. 6. Post-Translasyonel Modifikasyonlar: Translasyon sonrası proteinlerin kimyasal gruplar eklenerek veya çıkarılarak aktivitelerinin, stabilitelerinin ve lokalizasyonlarının değiştirilmesi.