Milli Kongre Cemiyeti'ni diğer yararlı cemiyetlerden ayıran temel farklar şunlardır: Ulusal bir cemiyet olması: Türkiye’nin her yerinden 70 civarında parti ve derneğin temsilcileri tarafından kurulmuştur. Uluslararası destek arayışı: Basın ve yayın yoluyla Millî Mücadele’nin haklılığını ve Türk davasını dünya kamuoyuna duyurmayı hedeflemiştir. Kuvâ-yi Milliye terimini kullanması: Kurtuluş Savaşı’nda bu terimi ilk kez kullanan cemiyettir. İstanbul Hükümeti ile resmi temas: İstanbul Hükümeti’ni Millî Mücadele’ye katılmaya ikna etmeye çalışmıştır. Misak-ı Millî’yi savunması: Milli mücadelenin haklılığını ortaya koymak için çeşitli dillerde yayınlar çıkarmıştır.