Petri deneyinde kullanılan bazı bakteriler şunlardır: Escherichia coli; Staphylococcus aureus; Pseudomonas aeruginosa; Klebsiella pneumoniae; Salmonella enterica. Ayrıca, çevreden bakteri örnekleri toplamak için, kapı kolları, banyo armatürleri, hayvan ağızları gibi yüzeylerden pamuklu çubuklarla numune alınabilir. Petri deneylerinde kullanılan bakteriler genellikle zararlı değildir, ancak çoğaldıklarında tehlike oluşturabilirler.