Lizozom, çeşitli hastalıklarda farklı görevler üstlenir. Lizozomal depo hastalıkları olarak bilinen bir grup hastalık, lizozomun enzim eksikliğinden kaynaklanır ve bu hastalıklarda lizozomlar, yıkılması gereken büyük molekülleri parçalayamaz. Bazı lizozomal depo hastalıkları: I-cell hastalığı: Golgi kompleksinden lizozoma gönderilen kargoların doğru adrese teslim edilememesi. Sfingolipidozisler: Glikosfingolipid degredasyonunun yapılamaması. Mukopolisakkaridozisler: Lizozomal hidrolazlarda yapısal sıkıntılar ve glikoaminglikan birikimi. Ayrıca, lizozomlar Alzheimer, Parkinson ve Amiyotrofik Lateral Skleroz (ALS) gibi nörodejeneratif hastalıklarda da rol oynar. Lizozomlar, hücre içindeki zararlı maddeleri sindirerek genel olarak hücre sağlığını korur, bu nedenle lizozomal bozukluklar çeşitli sağlık sorunlarına yol açabilir.