Lizozomun yok olması, hücrenin kendi kendini sindirerek ortadan kalkmasına neden olan otoliz olayına yol açar. Bu durum, hücrenin ölümüne sebep olur. Ayrıca, lizozomun görevleri arasında yer alan sindirim ve atık maddelerin yok edilmesi işlevleri de yerine getirilemez, bu da lizozomal depo hastalıklarının ortaya çıkmasına yol açabilir.