Mezensefalon (orta beyin), aşağıdaki sinirleri ve çekirdekleri içerir: Kranial sinirler: Üçüncü (Nervus oculomotorius), dördüncü (Nervus trochlearis) ve beşinci (Nervus trigeminus) kranial sinirlerin çekirdekleri mezensefalonda bulunur. Diğer yapılar: Substantia nigra, nucleus ruber, serebral pedinküller, tegmentum ve tektum (corpora quadrigemina) mezensefalonun bileşenlerindendir. Ayrıca, mezensefalon, Edinger-Westphal çekirdeği gibi parasempatik çekirdekleri de barındırır.