Hipotalamus, çeşitli iç ve dış uyaranlar tarafından çalıştırılır. Bu uyaranlar arasında: Işık: Sirkadiyen ve mevsimsel ritimleri düzenlemek için gün uzunluğu ve fotoperiyot. Kokusal uyaranlar: Feromonlar ve diğer kokular. Hormonlar: Gonadal steroidler, kortikosteroidler, leptin, anjiyotensin, insülin gibi. Vücut içi sinyaller: Kalpten, mideden, üreme organlarından gelen sinyaller. Stres: Adrenalin ve kortizol gibi stres hormonlarının üretimi. Ayrıca, hipotalamus merkezi sinir sisteminin birçok bölgesiyle bağlantılı olup, bu bölgelerden gelen bilgileri de değerlendirir.