Mor ve yeşil fotosentetik bakterilerin temel farkları şunlardır: Fotosentez türü: Mor bakteriler anoksijenik fotosentez yapar, yani oksijen üretmezler. Yeşil bakteriler de anoksijenik fotosentez yapar ve yine oksijen üretmezler. Klorofil türü: Mor bakteriler, klorofil yerine bakteriyoklorofil içerir. Yeşil bakteriler, klorofil içerir. Yaşam alanları: Mor bakteriler, hidrojen sülfürün bulunduğu ve oksijenin bulunmadığı su ortamları ve kükürt kaynaklarında yaygın olarak bulunur. Yeşil bakteriler, sülfür bakımından zengin su habitatlarında gelişir. Bu farklılıklar, mor ve yeşil fotosentetik bakterilerin metabolik süreçlerini ve yaşadıkları ortamları belirler.