Endoderm ve mezoderm, gastrulasyon sırasında oluşur. Endoderm oluşumu: Gastrulasyon sırasında, hücreler aktif ve pasif olarak yer değiştirir. Nodus embriyonaliste, blastocoele bakan hücreler yassılaşıp tek sıra halinde ektodermin altında ilerleyerek farklılaşır ve endodermi şekillendirir. Mezoderm oluşumu: Gastrulasyon sırasında, endoderm ve ektoderm arasındaki boşlukta yeni mezenkimal hücreler çoğalır. Mezoderm, kas, organ ve diğer yapılara dönüşür. Amfiyoksüste, mezoderm arkenteronun dorso lateralinde meydana gelir ve yukarı doğru cep şeklinde bir çıkıntı yaparak ortada arkenterondan aldığı bir boşluk bırakır. Gastrulasyon, embriyonik gelişimin üçüncü haftasında gerçekleşir ve üç germ tabakasının; ektoderm, mezoderm ve endodermin oluşmasını sağlar.