GDO'nun yasaklanma nedenleri arasında insan, hayvan ve bitki sağlığı ile çevrenin ve biyolojik çeşitliliğin korunması, sürdürülebilir kullanımının sağlanması bulunmaktadır. GDO'lu ürünlerin yasaklandığı bazı durumlar: Meksika'da genetiği değiştirilmiş mısır ve glifosat kullanımı, yerli tohum ve üretimin desteklenmesi, biyoçeşitliliğin korunması ve halk sağlığı nedeniyle 1 Ocak 2024'e kadar aşamalı olarak yasaklanmıştır. Türkiye'de Biyogüvenlik Kanunu kapsamında, GDO'lu ürünlerin onay alınmaksızın piyasaya sürülmesi, Kurul kararlarına aykırı olarak kullanılması veya kullandırılması yasaktır. GDO'nun zararlı olduğuna dair bilimsel araştırmalar, bu ürünlerin kansere, karaciğer, böbrek ve pankreas hastalıklarına, sindirim sistemi hasarlarına ve antibiyotik direncine yol açabileceğini göstermektedir.