Proteoglikanlar, vücutta birçok farklı doku ve organın yapısında bulunur. İşte bazı yerler: Kıkırdak dokusu: Proteoglikanların en yoğun bulunduğu yerlerden biridir, özellikle aggrekan adı verilen tür. Bağ dokusu: Proteoglikanlar, hücreler arası matrisin yapısını destekler. Epitel dokusu: Epitel hücrelerinin altında bulunan bazal membranlarda yer alır. Damarlar: Damarların iç yüzeyinde, endotel hücreleri etrafında bulunur. Sinir sistemi: Beyin ve omurilikte, nöral hücrelerin etrafında yer alır. İskelet sistemi: Kemik dokusunda, kemik matrisinin mineralizasyonunda ve kemik hücrelerinin fonksiyonlarında rol oynar.