Prof. Dr. Fuat Erdal'ın görevden ayrılmasının nedeni, YÖK Başkanı Prof. Dr. Erol Özvar ile yaşadığı anlaşmazlıklar ve bazı cemaatlerin etkisi olarak iddia edilmektedir. İddialara göre, Özvar, Erdal'a ya rektörlük görevinden istifa etmesini ya da görevden alınacağını kesin bir dille belirtmiştir. Erdal, 25 Temmuz 2024'te Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından yeniden Anadolu Üniversitesi Rektörlüğü'ne atanmıştı.