Bakteriler, çeşitli kriterlere göre dört ana gruba ayrılır: 1. Şekillerine Göre: Yuvarlak (kokus), çubuk (bacillus), virgül (vibrio) ve spiral (spirillum) bakteriler. 2. Gram Boyanma Özelliğine Göre: Gram pozitif (mor boyanan) ve Gram negatif (pembe boyanan) bakteriler. 3. Oksijen İhtiyaçlarına Göre: Zorunlu aerobik (oksijenli ortamda yaşar), zorunlu anaerobik (oksijensiz ortamda yaşar), geçici anaerobik ve geçici aerobik bakteriler. 4. Beslenme Şekillerine Göre: Ototrof (kendi besinini üretir) ve heterotrof (başkalarının ürettiği besinlerle beslenir) bakteriler.