Enterobakteriler, oksidaz negatif ve oksidaz pozitif olarak ikiye ayrılır. Oksidaz negatif enterobakteriler arasında Enterobacteriaceae, Acinetobacter baumanii ve Stenotrophomonas maltophilia bulunur. Oksidaz pozitif enterobakteriler arasında ise Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia cepacia, Campylobacter jejuni ve Helicobacter pylori yer alır. Ayrıca, enterobakteriler laktoz fermentasyonuna göre de sınıflandırılabilir: Laktozu fermente edenler. Laktozu geç fermente edenler. Laktozu fermente etmeyenler.