Morfoloji ve embriyoloji arasındaki ilişki, her iki bilim dalının da canlıların yapı ve oluşumunu incelemesinden kaynaklanır. Morfoloji, canlıların dış ve iç yapılarını, şekillerini ve fiziksel özelliklerini inceleyen bir bilim dalıdır. Embriyoloji ise, döllenmiş yumurtadan serbest yaşayan bir organizma oluşuncaya kadar geçen evreleri inceleyen bir bilim dalıdır. Bu nedenle, morfoloji, embriyolojinin temel kavramlarını ve bulgularını kullanarak, canlıların evrimsel ilişkilerini ve gelişim süreçlerini daha iyi anlamaya çalışır.