Elektroforetik yöntemin çalışma prensibi, moleküllerin elektriksel bir alanda jel üzerindeki göçüne dayanır. Elektroforetik yöntem şu şekilde çalışır: 1. Örnek Uygulama: Analiz edilecek örnek, jele bir leke veya ince bir bant halinde uygulanır. 2. Elektrik Akımı: Sistemden elektrik akımı geçirilir. 3. Ayrılma: Moleküllerin hareketi, yük, boyut, biçim ve kimyasal içerik gibi özelliklerine göre gerçekleşir. 4. Görüntüleme: Elektroforez sonrası örnekler boyanarak görüntülenir. Bazı elektroforetik yöntemler: Agaroz Jel Elektroforezi: DNA ve RNA moleküllerinin ayrımında kullanılır. Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE): Küçük DNA fragmentleri ve RNA moleküllerinin ayrımında kullanılır. Kılcal (Kapiler) Elektroforez: Yüksek hassasiyet ve otomasyon imkanı sunar.