Nükleotid şeker, fosfat ve organik bazın bağlanma şekli şu şekildedir: Organik baz ve pentoz: Organik baz ile pentoz, glikozit bağı ile bağlanır. Pentoz ve fosfat: Pentoz ile fosfat arasında fosfoester bağı (ester bağı) bulunur. Nükleotidlerin birbirine bağlanma şekli ise şu şekildedir: Nükleotidler, birinci nükleotidin şekerinin 3. karbonuna, ikinci nükleotidin şekerinin 5. karbonunda bulunan fosfat grubu bağlanarak birbirine bağlanır. Bu bağlanma sonucunda oluşan polinükleotid zincirleri 5’ten 3’e doğru bir yönelime sahip olur. DNA'da nükleotidlerin bağlanma şekli: DNA'da iki polinükleotid zinciri, azotlu bazlar arasındaki zayıf hidrojen bağları ile birbirine bağlanır. Adenin (A) daima timin (T) ile, guanin (G) ise sitozin (C) ile eşleşir; A ile T arasında ikili, G ile C arasında üçlü hidrojen bağı oluşur.