Bağlı ve bağımsız genler arasındaki temel fark, genlerin kromozomlar üzerindeki konumlarıdır: Bağımsız genler, farklı kromozomlar üzerinde bulunur veya aynı kromozomda çok uzaktadır. Bağlı genler, aynı kromozom üzerinde yer alır. Ayırt etme yöntemleri: Krossing over oranı: Aynı kromozom üzerindeki genler arasındaki krossing over oranı biliniyorsa, bağlı genlerin düzeni belirlenebilir. Olasılık hesabı: Bağımsız genler için 2^n formülü kullanılır, burada n, alel çiftlerinin sayısını temsil eder. Örnekler: AaBb genotipli bir bireyde A ve B genleri bağımsızdır, bu nedenle dört çeşit gamet (AB, Ab, aB, ab) oluşur. AaBbDd genotipli bireyde A, b ve D genleri bağlıdır, bu durumda sadece iki çeşit gamet (AbD ve aBd) oluşur.