Çatalhöyük'ün terk edilmesinin birkaç olası nedeni vardır: 1. Hastalıklar: Hayvanlarla yakın temas, insanlara da bulaşan zoonotik hastalıklara yol açmış olabilir. 2. Çevresel Değişiklikler: İklim değişiklikleri, kuraklık ve su kaynaklarının azalması gibi çevresel faktörler, yerleşimcilerin yaşamını sürdürebilmek için başka yerlere göç etmelerine neden olmuş olabilir. 3. Ekonomik Faktörler: Tarım alanlarının verim kaybetmesi, insanların yerleşim yerlerini terk etmelerine yol açmış olabilir. 4. Toplumsal Çatışmalar: İç çatışmalar veya dış saldırılar gibi toplumsal baskılar da Çatalhöyük'ün terk edilmesinde rol oynamış olabilir.