İnsan vücudunda en çok bulunan bakteriler bağırsaklarda yer alır. İnsan vücudunun çeşitli bölgelerinde bulunan bazı bakteriler şunlardır: Bağırsaklarda: Escherichia coli, Bacteroides fragilis, Lactobacillus, Bifidobacterium, Clostridium. Deride: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Propionibacterium acnes. Ağızda: Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius, Porphyromonas gingivalis. Burun ve solunum yollarında: Staphylococcus aureus, Corynebacterium. Üreme sisteminde: Lactobacillus acidophilus, Gardnerella vaginalis. Midede: Helicobacter pylori.