Bakteri ve arkeler arasındaki bazı farklar şunlardır: Hücre duvarı yapısı: Bakterilerde peptidoglikan, arkelerde ise sahte peptidoglikan (psödopeptidoglikan veya pseudomurein) bulunur. Metabolik süreçler: Arkelerdeki metabolik süreçler ökaryotlara, bakterilerde ise ökaryotik bir süreç öne çıkar. Hücre zarı bağları: Bakterilerin hücre zarında ester bağları, arkelerin hücre zarında ise eter bağları bulunur. Üreme: Bakteriler sporla da üreyebilirken, arkelerde sporla üreme görülmez. Antibiyotiklere tepki: Arkeler, kanamycin, chloramphenicol, rifampicin ve anisomycin gibi antibiyotiklere bakterilerden farklı kimyasallarla tepki verirler. DNA kopyalanmasını başlatan yapı: Arkeler ve bakterilerde DNA kopyalanmasını başlatan başlatıcı (promoter) yapısı farklıdır. Fotosentez: Bazı arkeler fotosentetiktir, ancak klorofil olmadan fotosentez yaparlar. Yaşam alanı: Bakteriler genellikle "normal" ortamlarda bulunurken, arkeler genellikle ekstrem koşullar ile birlikte normal koşullarda da bulunabilirler.