Mezopotamya'nın başkenti yoktur, çünkü Mezopotamya, belirli bir siyasi mevcudiyet veya sınırları belirli bir idari bölge değildir. Ancak, tarihte Mezopotamya'da kurulmuş olan bazı devletlerin başkentleri şunlardır: Sümerler: Ur, Uruk, Kiş, Lagaş. Akadlar: Agade. Babilliler: Babil. Asurlular: Assur, Ninova.