Antikodon, üç nükleotitten oluşan bir dizidir. Bu nükleotitler, tRNA molekülünün 34, 35 ve 36. pozisyonlarına karşılık gelir ve amino asidin bulunduğu 3'-OH ucunun karşısında, tRNA'nın yapısı üzerinde bir ilmeğe yerleştirilirler. Antikodonun içinde genellikle inozin ve psödouridin gibi, birden fazla baz ile hidrojen bağı kurabilen modifiye nükleotitler bulunur. Örnek bir antikodon dizisi: 3'-UAC-5'.