Teşkilat dizisinin ilk iki bölümü Ankara'da çekilmiştir. Dizinin çekimleri için Keçiören, Akyurt, Altındağ, Polatlı, Gölbaşı, Sincan gibi ilçeler kullanılmıştır. Ayrıca, dizinin bazı sahneleri İstanbul'da, bir kısmı ise Tokat ve Bosna Hersek gibi farklı yerlerde çekilmiştir.