Teşkilat dizisinin ilk iki bölümü Ankara'da çekilmiştir .
Dizinin çekimleri için Keçiören, Akyurt, Altındağ, Polatlı, Gölbaşı, Sincan gibi ilçeler kullanılmıştır .
Ayrıca, dizinin bazı sahneleri İstanbul'da, bir kısmı ise Tokat ve Bosna Hersek gibi farklı yerlerde çekilmiştir .