Hakan Kutlu, farklı dönemlerde çalıştığı takımlardan çeşitli nedenlerle kovulmuştur: 1. Kasımpaşa: Hakan Kutlu, Kasımpaşa'daki teknik direktörlük görevinden, sportmenliğe aykırı hareketi ve tedbire uymaması gerekçeleriyle Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu'na (PFDK) sevk edilmesi sonucu tedbirli olarak kovulmuştur. 2. Denizlispor: Hakan Kutlu, Denizlispor'daki görevinden, kulüp başkanı ile yaşadığı anlaşmazlık ve takımın ligde kötü gitmesi nedeniyle istifa etmiştir. 3. Mersin İdman Yurdu: Kutlu, Mersin İdman Yurdu'ndaki görevine, 2014 yılında görevine son verilmesi sonucu son vermiştir.