Subnautica oyununun hikayesi, Ryley Robinson adlı bir uzay gemisi kazazedesinin, 4546B adlı yabancı bir okyanus gezegeninde hayatta kalma mücadelesini anlatır. Oyunun ana olayları şunlardır: - Robinson, Aurora adlı uzay gemisinin enkazından kurtulur ve gezegeni keşfetmeye başlar. - Yerel flora ve faunanın tehlikeleriyle mücadele ederken, hayati kaynakları toplar ve bir üs inşa eder. - Bir ticaret gemisi olan Sunbeam, Robinson'a yardım etmeye çalışır, ancak gezegeni karantinaya alan bir yapı tarafından vurulur. - Robinson, gezegeni terk etmenin bir yolunu ararken, Architects adlı bir uzaylı ırkının bıraktığı ipuçlarını takip eder ve 4546B'nin geçmişine dair sırları ortaya çıkarır. - Sonunda, gezegeni ve kendisini iyileştirmenin bir yolunu bulur ve Aurora'nın transponderini kullanarak bir kaçış roketi yapar. - Robinson, roketle gezegenden ayrılırken, Sea Emperor adlı gizemli bir yaratıkla telepatik bir veda yaşar.