Subnautica ve Subnautica: Below Zero aynı oyun değildir, ancak her ikisi de aynı evrende geçmektedir. Temel farklar: - Subnautica, tropikal bir su altı dünyasında geçerken, Below Zero buzlu ve arctic bir bölgede geçer. - Below Zero, Subnautica'daki olaylardan iki yıl sonrasını konu alır ve daha fazla kara tabanlı keşif içerir. - Karakterler: Subnautica'da oyuncu sessiz bir karakteri kontrol ederken, Below Zero'da Robin Ayou adında sesli bir ana karakter vardır.