Subnautica ve Subnautica: Below Zero aynı değildir, ancak aynı evrende geçer ve birbirine bağlı olmayan farklı hikayeler sunar. Subnautica: Oyuncu, 4546b adlı uzaylı gezegeninde hayatta kalmaya ve keşfetmeye çalışır. Subnautica: Below Zero: Hikaye, Subnautica'dan iki yıl sonra devam eder ve oyuncu, bilim insanı Robin Ayou olarak kız kardeşinin ölümünü araştırır. İki oyun, temel oynanış açısından benzerdir; macera ve hayatta kalma ögeleri içerir, birinci şahıs bakış açısıyla oynanır ve açık dünya yapısına sahiptir.