Stardew Valley'de gizli görevler birkaç farklı yerde bulunabilir: 1. Qi'nin Otobüs Tüneli: Pelican Town'un dışında, otobüs durağının solunda yer alır ve Qi'nin questline'ının başlangıç noktasıdır. 2. Gizli Orman (Secret Woods): Cindersap Ormanı'nın kuzeybatısında, büyük kütüklerin arkasındaki gizli bir alandır. 3. Krobus'un Seweri: 60 eşya bağışlayarak müzeye açtıktan sonra, Sam'in evinin yanındaki manholeden girilebilen bir alandır. 4. Ginger Adası Gizemli Kutuları: Mr. Qi'nin uçaktan attığı gizemli kutuları, günlük aktiviteler sırasında (ahşap kesme, madencilik, balık tutma vb.) bulabilirsiniz.