Mülteci Derneği'nin amacı, mülteci ve sığınmacıların sosyal uyumunu sağlamak için hukuki, sosyo-ekonomik ve psiko-sosyal ihtiyaçlara yönelik etkin ve çok yönlü destek vermektir. Bazı amaçları: Mülteci hakları konusunda kamuoyu nezdinde duyarlılık oluşturmak ve bilinci yükseltmek. Mülteci ve sığınmacıların, ülke mevzuatı ve uluslararası hukuktan kaynaklanan haklarının tam olarak pratiğe geçebilmesi için mülteci hakları savunuculuğu yapmak. Çocuk ve kadınların sorunlarına yönelik çalışmalar yürütmek. Özel sektör, sivil toplum kuruluşları ve kamu kurumları ile iş birliği içinde çalışmak. Mülteci Derneği, İstanbul merkezli yerel bir sivil toplum kuruluşudur ve yabancılara Türk vatandaşlığı, ikamet izni, çalışma izni, Türkiye’ye giriş çıkış izni verme gibi bir yetkiye sahip değildir.