Evet, Prison Break'in 4. ve 5. sezonları bağlantılıdır. 5. sezon, 4. sezonun hikayesini devam ettirmekte, ancak büyük bir zaman atlaması içermektedir. Ayrıca, 5. sezon, 4. sezonun bazı olaylarını yeniden düzenleyen ve inandırıcılığı zorlayan hikayeler içermektedir. Genel olarak, 5. sezon, 4. sezonun hikayesini tamamlamaya çalışırken, aynı zamanda bağımsız bir hikaye de sunmaktadır.