"Yu-Gi-Oh! The Dark Side of Dimensions" filminin hikayesi, orijinal manga ve anime serisinin olaylarından sonra geçmektedir. Filmin konusu kısaca şu şekildedir: Seto Kaiba, Millennium Puzzle'ın kayıp parçalarını bulmak için bir kazı yaptırır. Bu sırada, gizemli bir adam ortaya çıkar ve Kaiba ile bir düello yapar. Genç bir adam olan Diva, Puzzle'ın iki parçasını çalar ve Yugi'ye verir. Yugi, parçaları birleştirerek Atem'in ruhunun artık içinde olmadığını kanıtlar. Diva, kötü enerjiyle yozlaşır ve Yugi ile Kaiba'ya saldırır. Kaiba kendini feda ederek Yugi'ye Atem'i çağırmasını söyler. Yugi, Atem'in yardımıyla Diva'yı yener ve Atem ile vedalaşarak Puzzle'ı yok eder. Kaiba, teknolojisiyle ahirete gider ve Atem ile bir düello daha yapar. Atem, Kaiba'nın yaklaşımına gülümser. Film, yeni kartlar tanıtmak yerine, orijinal serinin final bölümünden sonra olanlara bir açıklama getirmeyi amaçlar.