"Neon Genesis Evangelion: The End of Evangelion", ilk serinin final iki bölümünün alternatif bir sonunu anlatır. Bu filmde, İnsan Enstrümantasyonu Projesi başlar ve bu projenin merkezinde protagonist Shinji Ikari yer alır. Konu özeti: - Shinji, artık bir Evangelion pilotu olmadığını ve normal bir okul çocuğu hayatını yaşadığını görür. - Final sahneler, Asuka ile birlikte yıkık bir dünyada yalnız kalan Shinji'yi gösterir. Film, daha umutlu bir tonla sona erer, çünkü Shinji'nin yeni bulduğu mutluluk, kendi özgür iradesiyle değil, Enstrümantasyon'un bir ürünü olarak görünür.