Mega Man X4 oyunu, Reploidlerin (robotların) ve insanların bir arada yaşadığı bir gelecekte geçmektedir 3.

Hikaye, Sigma'nın yenilgisinden ve Dr. Doppler'in ölümünden aylar sonra başlar 1. Maverick virüsünün yayılmasını önlemek için çalışan Maverick Avcıları, Repliforce adlı yeni bir Reploid ordusunun insan hükümetine karşı bağımsızlık mücadelesi verdiğini öğrenir 3.

Oyunun başında, oyuncu X veya Zero karakterlerinden birini seçerek oynamaya başlar ve her karakterin farklı bir hikayesi olur 12. Birlikte, Sky Lagoon adlı yüzen bir şehrin yıkılmasına neden olan bir komployu araştırırlar 13.

Nihai amaç, gerçek komplocuyu ortaya çıkarmak ve hem Maverick Avcıları hem de Repliforce'u yok olmaktan kurtarmaktır 1.