Minos uygarlığının yok oluşuna üç ana teori öne sürülmektedir: 1. Santorini Patlaması: MÖ 1600 civarında Santorini adasındaki yanardağın patlaması, Minos uygarlığının önemli liman kenti Thera'yı yok etti ve diğer kıyı şehirlerini yıkıma uğrattı. 2. Miken İstilası: Miken anakarası ve/veya Yeni Krallık Mısır ile devam eden ticaret ağı üzerindeki kontrol mücadelesi, Minos uygarlığının çöküşüne katkıda bulunmuş olabilir. 3. İç Çatışmalar: Arkeologlar, Minosluların çöküşünün en azından önemli bir kısmının iç siyasi çatışmalardan kaynaklanabileceğini düşünmeye başladılar.