Santorini Kalderası, yaklaşık 3600 yıl önce gerçekleşen Minoan (Thera) Patlaması sonucu oluşmuştur. Bu patlama, adanın merkezindeki volkanik yapının çökmesine ve denizle dolmasına neden olmuştur. Kalderanın etrafındaki iç kıyı, en yüksek noktasında 300 metre düşüşten daha dik bir uçurumdur ve birbiri üzerinde katılaşmış lavların çeşitli katmanlarını sergiler. Günümüzde Santorini, hâlâ aktif bir volkanik bölge olarak kabul edilmektedir.