Alparslan Arslan, 17 Mayıs 2006 tarihinde gerçekleştirdiği Danıştay Saldırısı nedeniyle cezaevindeydi. Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi, Alparslan Arslan hakkında, "cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın öngördüğü düzeni ortadan kaldırmaya, yerine yeni bir düzen getirmeye, fiilen uygulanmasını önlemeye teşebbüs etmek" suçundan ve "Danıştay 2. Dairesi Başkanı Mustafa Yücel Özbilgin'i, tasarlayarak ve yerine getirdiği kamu görevi nedeniyle kasten öldürmek" suçundan ayrı ayrı iki kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası vermiştir. 5 Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında ise Alparslan Arslan'a iki kez ağırlaştırılmış müebbet ve ayrıca 90 yıl 3 ay hapis cezası verilmiştir. Alparslan Arslan, 16 Şubat 2023 tarihinde Maltepe Cezaevi’ndeki koğuşunda intihar ederek hayatına son vermiştir.