Markafoni'nin sahibi, 2014 yılında şirketin hisselerini satan ve şirketten tamamen ayrılan kurucu ortaklar Sina Afra, Tolga Tatari ve Ahmet Emre Sarı'dır. Daha sonra, Naspers (MIH Allegro) şirketi, Markafoni'nin çoğunluk hissesini satın almış ve 2017 yılında kalan tüm hisseleri de devralarak şirketin sahibi olmuştur. 2017 yılında Markafoni'yi İngiltere'deki Select Group'un sahibi Cafer Mahiroğlu satın almıştır.